En plena persecución de los cristianos, dos jóvenes jesuitas viajan a Japón para investigar la desaparición de su antiguo maestro el P. Ferreira

Conor (James McAvoy) y Eleanor (Jessica Chastain), jóvenes, guapos y enamorados, forman un matrimonio feliz. Hasta que un día acontece un hecho trágico –que el espectador no conocerá hasta mucho después– y Eli intenta suicidarse. Cuando sale del hospital, no quiere ver a Conor y se va a vivir a casa de sus padres (Isabelle Huppert y William Hurt). Conor acaba encontrándola en la Universidad, en el aula de una profesora de psicología (Viola Davis), y empieza a seguirla, a una cierta distancia, por las calles de Nueva York.