La película narra la fantástica historia de Anna, una adolescente huérfana con rasgos occidentales, adoptada por una familia japonesa. Por motivos de salud va a pasar una temporada al borde del mar en casa de un matrimonio encantador. Allí queda subyugada por una antigua mansión abandonada, al otro lado del lago, sobre la que corre la leyenda de que está habitada por fantasmas. Un día conoce a Marnie, la misteriosa joven que se le aparece en sueños y que había creído ver por la ventana iluminada de la casa del lago. Entre las niñas nace una profunda amistad hasta que Marnie desaparece un día súbitamente.
Es una película hermosísima, pero profundamente triste y, puesto que los protagonistas son adolescentes, acaba provocando una terrible angustia. Es el relato de un cuento onírico en el que funciona muy bien la interacción entre el nivel de la realidad y el nivel de los fantasmas del pasado, entre sueños y vigilia. Toda la acción está impregnada de una atmósfera de ensueño inquietante y de gran belleza plástica. La historia de Anna y Marnie constituye una auténtica experiencia de psicoanálisis, como exploración de sí mismo a través del sueño y las representaciones imaginarias para conocer y comprender el propio pasado, experiencias y traumas, como causa y explicación de los males y desequilibrios presentes. Pero en realidad, en la narración se apuntan ideas que no se acaban de desarrollar. Es una obra estéticamente espléndida, pero con un guion poco sólido. Por otra parte no se sabe exactamente a qué público va dirigida. Desde luego, ni por el tema ni por el excesivo metraje resulta apropiada para el público infantil. Y es dudoso que pueda interesar al gran público adulto. A pesar de todo, es una buena película, estéticamente espléndida. que gustará a los amantes de la animación.